Foi na sequência do parecer do Grupo de trabalho criado pelo ministro Manuel Maria Carrilho, em 1996, que o Ministério da Cultura criou o Centro Português de Fotografia.

A cultura fotográfica começava então a reanimar-se pelo aparecimento de escolas de fotografia, festivais e galerias que recuperavam fotógrafos “malditos” ou afastados no regime salazarista e divulgavam a obra de importantes fotógrafos internacionais.

O Centro Português de Fotografia foi criado pelo Decreto-Lei n.º 160/97, publicado no Diário da República de 25 de Junho de 1997, com sede no edifício da Ex-Cadeia e Tribunal da Relação do Porto, desafectado em 29 de Abril de 1975.
As salas de exposição do rés-do-chão foram utilizadas nesse mesmo ano, a partir de Dezembro, mas o edifício só seria ocupado na sua totalidade pelo CPF em 2001, depois de restaurado a adaptado à sua nova função, pela equipa dos Arquitectos Eduardo Souto Moura e Humberto Vieira.

Em 2007, e no quadro das orientações definidas pelo Programa de Reestruturação da Administração Central do Estado (PRACE), o Centro Português de Fotografia foi extinto por fusão com o Instituto dos Arquivos Nacionais/Torre do Tombo. Desta decisão resultou a criação da Direcção-Geral de Arquivos, com sede em Lisboa, actual entidade de tutela do CPF (Decreto-Lei 93/2007 de 29 de Março e Portaria 372/2007 de 30 de Março).